По версии следствия, Ивлев в 2001-2002 годах в составе организованной группы под руководством бывшего главы ЮКОСа Михаила Ходорковского присвоил более 195 млн тонн нефти ОАО "Юганскнефтегаз", ОАО "Самаранефтегаз" и ОАО "Томскнефть ВНК", являвшихся дочками ЮКОСа, на сумму 1,067 трлн рублей. При этом часть этих денежных средств были легализованы. Как считает следствие, участники группы скупали нефть у нефтеперерабатывающих компаний по себестоимости, которая потом возрастала при перепродаже в несколько раз. Сделки, по версии следствия, оформлялись только на бумаге через фирмы, расположенные в зонах льготного налогообложения. При этом полученная сверхприбыль скапливалась на счетах фирм, а затем переводилась в офшорные зоны и легализовывалась.
Ивлев по версии следствия в числе других юристов ЮКОСа обеспечивал правовое сопровождение и видимость юридической чистоты сделок. Он обвиняется в присвоении или растрате чужого имущества в особо крупном размере (ст.160) и легализации (отмывании) денежных средств или иного имущества, приобретенного лицом в результате совершения им преступления (ст.174.1). Его уголовное дело выделено в отдельное производство из так называемого большого "дела ЮКОСа". В связи с тем, что обвиняемый скрывается от следствия в США, судебное разбирательство в отношении него будет проходить в заочной форме.