Объектом расследования стала цепочка сделок, в результате которой "Центр Хруничева" в 2008 году получил контроль над ILS - ей принадлежат глобальные права на маркетинг пусковых услуг с помощью "Протонов" и "Ангары". ILS создавалась в 1993 году при участии американской Lockheed Martin, но в середине 2000-х Lockheed занялась реструктуризацией бизнеса и решила продать контрольный пакет ILS. В октябре 2006 года 51% ILS у Lockheed выкупила компания Space Transport Inc. (ST), зарегистрированная на Британских Виргинских островах. Сумма этой сделки составила $108 млн (впоследствии она была приведена в отчете Lockheed).
Как только акции ILS перешли в офшор, бизнес компании резко пошел в гору: за один год было заключено 17 контрактов на пусковые услуги. По меркам нынешнего дня это немыслимый коммерческий успех - сейчас ILS заключает по 3-4 контракта в год. Взрывной рост портфеля заказов сказался на оценке капитализации компании: в ноябре 2007 года Нестеров направил в Роскосмос заключение "Делойт энд Туш СНГ", по которому 51% акций ILS оценивались в пределах $320-370 млн. Возглавлявший в то время Роскосмос Анатолий Перминов санкционировал приобретение акций ILS и весной 2008 года "Центр Хруничева" перечислил ST $320,8 млн из привлеченного кредита Сбербанка.
Как сообщил один из опрошенных по делу свидетелей, следователи подозревают, что В.Нестеров и ряд причастных к сделке лиц впоследствии распределили между собой $212 млн - заработок офшора ST на сделке между Lockheed и "Центром Хруничева".
По словам источника "Известий", в рамках доследственной проверки опрашивались Анатолий Перминов, Сергей Анисимов (бывший заместитель гендиректора "Центра Хруничева" по внешнеэкономическим связям) и другие сотрудники из числа руководства предприятия. ILS в следственных мероприятиях не задействована, на пусковую программу происходящее никакого влияния не оказывает и оказывать не будет, сказал он. Официальный комментарий от СКР получить не удалось.
Сам В.Нестеров рассказал "Известиям", что до приобретения "Центром Хруничева" ILS оставляла себе до 25% от стоимости заключенного контракта, а после - не более 10%. Конкретных цифр он не привел, но, по данным экспертов рынка пусковых услуг, в описанный период времени один коммерческий запуск "Протона" стоил $100-110 млн. За счет такого перераспределения "Центр Хруничева" получил уже 2 раза по $255 млн, что в полной мере оправдывает ту покупку, утверждает В.Нестеров.
В.Нестеров был уволен с поста гендиректора "Центра Хруничева" летом 2012 года после нескольких аварий при запусках "Протонов", до последнего времени он в должности главного конструктора руководил созданием ракетного комплекса "Ангара". После успешного начала летных испытаний "Ангары" тяжелого класса (первый полет состоялся 23 декабря этого года) В.Нестеров решил покинуть предприятие - 30 декабря его последний рабочий день.
По словам источника в руководстве "Центра Хруничева", решение об уходе В.Нестеров принял давно, - отношения с руководством "Объединенной ракетно-космической корпорации", получившей контроль над "Хруничевым", у него не сложились.